最初はトップのみHTMLで書いて、下層にwordpressを入れ込もうとしましたが、
コンテンツも多いし色々面倒そうなので、止めにしました。

こちらは、サイト全体で一部のディレクトリのみにwordpressを入れこもうかという場合らしい。

WordPressを一部のディレクトリのみ有効にする

http://blog.webbingstudio.com/2010/06/wp_directories_2.html

もちろん今後方針の変化もありえますので、その場合は参考にさせていただきたいです。